2003年調查共發現91科208屬251種
紅皮書評比的標準則使用特生中心2012年公布的維管束植物初評名錄
| 學名 | 中文名 | 紅皮書評比 |
| Diplazium esculentum (Retz.) Sw. | 過溝菜蕨 | LC |
| Microlepia speluncae (L.) T. Moore | 熱帶鱗蓋蕨 | LC |
| Equisetum ramosissimum Desf. | 木賊 | LC |
| Dicranopteris linearis (Burm. f.) Underw. var. tetraphylla (Rosenst.) Nakai | 蔓芒萁 | LC |
| Nephrolepis auriculata (L.) Trimen | 腎蕨 | LC |
| Ceratopteris thalictroides (L.) Brongn. | 水蕨 | LC |
| Pteris ensiformis Burm. f. | 箭葉鳳尾蕨 | LC |
| Pteris semipinnata L. | 半邊羽裂鳳尾蕨 | LC |
| Lygodium japonicum (Thunb.) Sw. | 海金沙 | LC |
| Cyclosorus interruptus (Willd.) H. It | 鐵毛蕨 | NT |
| Pinus luchuensis Mayr | 琉球松 | － |
| Tetragonia tetragonoides (Pall.) Kuntze | 番杏 | LC |
| Achyranthes aspera L. var. indica L. | 印度牛膝 | LC |
| Alternanthera philoxeroides (Mart.) Griseb. | 空心蓮子草 | NA |
| Amaranthus spinosus L. | 刺莧 | NA |
| Amaranthus viridis L. | 野莧 | NA |
| Celosia argentea L. | 青葙 | LC |
| Hydrocotyle sibthorpioides Lam. | 天胡荽 | LC |
| Nerium oleander L. | 夾竹桃 | － |
| Ilex asprella (Hook. & Arn.) Champ. ex Benth. | 燈稱花 | LC |
| Eleutherococcus trifoliatus (L.) S.Y. Hu | 三葉五加 | LC |
| Aristolochia shimadai Hayata | 臺灣馬兜鈴 | LC |
| Dregea volubilis (L. f.) Benth. ex Hook. f. | 華他卡藤 | LC |
| Gymnema sylvestre (Retz.) R. Br. ex Schult. | 武靴藤 | LC |
| Ageratum conyzoides L. | 霍香薊 | NA |
| Ageratum houstonianum Mill. | 紫花霍香薊 | NA |
| Artemisia capillaris Thunb. | 茵陳蒿 | LC |
| Artemisia indica Willd. | 艾 | LC |
| Aster subulatus Michx. | 掃帚菊 | NA |
| Bidens pilosa L. | 白花鬼針 | LC |
| Bidens pilosa L. var. minor (Blume) Sherff | 小白花鬼針 | LC |
| Bidens pilosa L. var. radiata Sch. Bip. | 大花咸豐草 | NA |
| Cirsium japonicum DC. var. australe Kitam. | 南國小薊 | LC |
| Conyza canadensis (L.) Cronquist | 加拿大蓬 | NA |
| Conyza sumatrensis (Retz.) E. Walker | 野茼蒿 | NA |
| Crassocephalum crepidioides (Benth.) S. Moore | 昭和草 | LC |
| Crossostephium chinense (L.) Makino | 蘄艾 | VU |
| Eclipta prostrata (L.) L. | 鱧腸 | LC |
| Elephantopus mollis Kunth | 地膽草 | NA |
| Emilia sonchifolia (L.) DC. var. javanica (Burm. f.) Mattf. | 紫背草 | LC |
| Erechtites valerianifolia Less. | 飛機草 | NA |
| Gnaphalium luteoalbum L. subsp. affine (D. Don) J. Kost. | 鼠麴草 | LC |
| Gnaphalium purpureum L. | 鼠麴舅 | NA |
| Hemisteptia lyrata (Bunge) Fisch. & C.A. Mey. | 泥胡菜 | LC |
| Ixeridium laevigatum (Blume) Pak & Kawano | 刀傷草 | LC |
| Ixeris chinensis (Thunb.) Kitag. | 兔兒菜 | LC |
| Pluchea sagittalis (Lam.) Cabrera | 翼莖闊苞菊 | NA |
| Pterocypsela indica (L.) C. Shih | 鵝仔草 | LC |
| Sigesbeckia orientalis L. | 豨薟 | NA |
| Soliva anthemifolia (Juss.) R. Br. | 假吐金菊 | NA |
| Sonchus oleraceus L. | 苦滇菜 | NA |
| Taraxacum formosanum Kitam. | 臺灣蒲公英 | EN |
| Tridax procumbens L. | 長柄菊 | NA |
| Vernonia cinerea (L.) Less. | 一枝香 | LC |
| Wedelia trilobata (L.) Hitchc. | 南美蟛蜞菊 | NA |
| Xanthium strumarium L. | 蒼耳 | NA |
| Youngia japonica (L.) DC. | 黃鵪菜 | LC |
| Basella alba L. | 落葵 | NA |
| Bothriospermum zeylanicum (J. Jacq.) Druce | 細纍子草 | LC |
| Ehretia acuminata R. Br. | 厚殼樹 | LC |
| Brassica oleracea L. var. alboglabra Musil | 芥藍菜 | － |
| Cardamine flexuosa With. | 蔊菜 | LC |
| Hylocereus undatus (Haw.) Britton & Rose | 三角柱 | － |
| Wahlenbergia marginata (Thunb.) A. DC. | 細葉蘭花參 | LC |
| Lonicera japonica Thunb. | 忍冬 | LC |
| Carica papaya L. | 木瓜 | － |
| Casuarina equisetifolia L. | 木麻黃 | － |
| Maytenus diversifolia (Maxim.) Ding Hou | 刺裸實 | LC |
| Chenopodium album L. | 藜 | LC |
| Cuscuta campestris Yunck. | 平原菟絲子 | DD |
| Ipomoea batatas (L.) Lam. | 番薯 | NA |
| Ipomoea cairica (L.) Sweet | 槭葉牽牛 | NA |
| Ipomoea imperati (Vahl) Griseb. | 厚葉牽牛 | VU |
| Ipomoea obscura (L.) Ker Gawl. | 野牽牛 | LC |
| Ipomoea pes-caprae (L.) R. Br. subsp. brasiliensis (L.) Ooststr. | 馬鞍藤 | LC |
| Merremia gemella (Burm. f.) Hallier f. | 菜欒藤 | NA |
| Citrullus vulgaris Schrad. | 西瓜 | － |
| Solena amplexicaulis (Lam.) Gandhi | 茅瓜 | LC |
| Elaeagnus oldhamii Maxim. | 椬梧 | DD |
| Bischofia javanica Blume | 茄苳 | LC |
| Breynia officinalis Hemsl. | 紅仔珠 | LC |
| Bridelia tomentosa Blume | 土密樹 | LC |
| Chamaesyce hirta (L.) Millsp. | 大飛揚草 | NA |
| Codiaeum variegatum (L.) Rumph. ex A. Juss. | 變葉木 | － |
| Euphorbia heterophylla L. | 白苞猩猩草 | NA |
| Euphorbia pulcherrima Willd. ex Klotzsch | 聖誕紅 | － |
| Mallotus japonicus (Spreng.) Muell.-Arg. | 野桐 | LC |
| Mallotus paniculatus (Lam.) Muell.-Arg. | 白匏子 | LC |
| Mallotus repandus (Rottler) Muell.-Arg. | 扛香藤 | LC |
| Ricinus communis L. | 蓖麻 | NA |
| Sapium discolor (Champ. ex Benth.) Muell.-Arg. | 白桕 | LC |
| Sapium sebiferum (L.) Dum. Cours. | 烏桕 | NA |
| Acacia confusa Merr. | 相思樹 | LC |
| Arachis hypogea L. | 落花生 | NA |
| Cajanus scarabaeoides (L.) Thouars | 蔓蟲豆 | LC |
| Leucaena leucocephala (Lam.) de Wit | 銀合歡 | NA |
| Mimosa pudica L. | 含羞草 | NA |
| Pueraria lobata (Willd.) Ohwi subsp. thomsonii (Benth.) Ohashi & Tateishi | 大葛藤 | NA |
| Senna occidentalis (L.) Link | 望江南 | NA |
| Sesbania sesban (L.) Merr. | 印度田菁 | NA |
| Quercus variabilis Blume | 栓皮櫟 | LC |
| Liquidambar formosana Hance | 楓香 | LC |
| Ocimum basilicum L. | 羅勒 | LC |
| Cassytha filiformis L. | 無根藤 | LC |
| Cinnamomum camphora (L.) J. Presl | 樟 | LC |
| Lindera communis Hemsl. | 香葉樹 | LC |
| Lindera glauca (Siebold & Zucc.) Blume | 白葉釣樟 | DD |
| Cuphea carthagenensis (Jacq.) J.F. Macbr. | 克非亞草 | NA |
| Lagerstroemia subcostata Koehne | 九芎 | LC |
| Hibiscus tiliaceus L. | 黃槿 | LC |
| Malvastrum coromandelianum (L.) Garcke | 賽葵 | NA |
| Sida rhombifolia L. | 金午時花 | LC |
| Urena lobata L. | 野棉花 | LC |
| Melastoma candidum D. Don | 野牡丹 | LC |
| Melia azedarach L. | 楝 | LC |
| Cocculus orbiculatus (L.) DC. | 木防己 | LC |
| Stephania japonica (Thunb.) Miers | 千金藤 | LC |
| Broussonetia papyrifera (L.) L'Herit. ex Vent. | 構樹 | LC |
| Ficus microcarpa L. f. | 榕 | LC |
| Ficus nervosa B. Heyne ex Roth | 九丁榕 | LC |
| Humulus scandens (Lour.) Merr. | 葎草 | LC |
| Maclura cochinchinensis (Lour.) Corner | 柘樹 | LC |
| Morus australis Poir. | 小葉桑 | LC |
| Maesa perlaria (Lour.) Merr. | 鯽魚膽 | DD |
| Eucalyptus robusta Sm. | 大葉桉 | － |
| Melaleuca leucadendra (L.) L. | 白千層 | － |
| Psidium guajava L. | 番石榴 | － |
| Bougainvillea spectabilis Willd. | 九重葛 | － |
| Ludwigia octovalvis (Jacq.) P.H. Raven | 水丁香 | LC |
| Oenothera biennis L. | 月見草 | NA |
| Orobanche coerulescens Stephan | 列當 | DD |
| Oxalis corniculata L. | 酢醬草 | LC |
| Passiflora foetida L. var. hispida (DC. ex Triana & Planch.) Killip | 毛西番蓮 | NA |
| Passiflora suberosa L. | 三角葉西番蓮 | NA |
| Phytolacca japonica Makino | 日本商陸 | LC |
| Pittosporum tobira (Thunb.) W.T. Aiton | 海桐 | LC |
| Plantago major L. | 大車前草 | LC |
| Plumbago zeylanica L. | 烏面馬 | LC |
| Polygala japonica Houtt. | 瓜子金 | LC |
| Polygonum chinense L. | 火炭母草 | LC |
| Polygonum lapathifolium L. | 早苗蓼 | LC |
| Polygonum perfoliatum (L.) L. | 扛板歸 | NA |
| Polygonum thunbergii Siebold & Zucc. | 戟葉蓼 | LC |
| Rumex acetosa L. | 酸模 | LC |
| Rumex crispus L. var. japonicus (Houtt.) Makino | 羊蹄 | LC |
| Portulaca oleracea L. | 馬齒莧 | LC |
| Anagallis arvensis L. | 琉璃繁縷 | NA |
| Clematis chinensis Osbeck var. tatushanensis T. Y. A. Yang | 大肚山威靈仙 | － |
| Ranunculus cantoniensis DC. | 禺毛茛 | LC |
| Ranunculus sceleratus L. | 石龍芮 | LC |
| Ranunculus sieboldii Miq. | 揚子毛茛 | LC |
| Kandelia obovata Sheue, H.Y. Liu & J. Yong | 水筆仔 | NT |
| Prunus pogonostyla Maxim. | 庭梅 | VU |
| Rubus croceacanthus H. Lévl. | 薄瓣懸鉤子 | LC |
| Rubus parvifolius L. | 紅梅消 | LC |
| Lasianthus fordii Hance | 琉球雞屎樹 | LC |
| Mussaenda parviflora Miq. | 玉葉金花 | LC |
| Paederia foetida L. | 雞屎藤 | LC |
| Spermacoce latifolia Aubl. | 闊葉鴨舌癀舅 | NA |
| Glycosmis citrifolia (Willd.) Lindl. | 石苓舅 | LC |
| Murraya paniculata (L.) Jack | 月橘 | LC |
| Zanthoxylum nitidum (Roxb.) DC. | 雙面刺 | LC |
| Cardiospermum halicacabum L. | 倒地鈴 | NA |
| Sapindus mukorossii Gaertn. | 無患子 | LC |
| Bacopa monnieri (L.) Wettst. | 過長沙 | LC |
| Lindernia anagallis (Burm. f.) Pennell | 定經草 | LC |
| Lindernia crustacea (L.) F. Muell. | 藍豬耳 | LC |
| Brucea javanica (L.) Merr. | 鴉膽子 | LC |
| Brugmansia suaveolens (Humb. & Bonpl. ex Willd.) Sweet | 大花曼陀羅 | NA |
| Capsicum annum L. | 辣椒 | NA |
| Lycium chinense Mill. | 枸杞 | LC |
| Physalis angulata L. | 燈籠草 | NA |
| Solanum americanum Mill. | 光果龍葵 | NA |
| Solanum diphyllum L. | 瑪瑙珠 | NA |
| Solanum lycopersicum L. | 番茄 | － |
| Helicteres angustifolia L. | 山芝麻 | LC |
| Styrax matsumuraei Perkins | 臺灣野茉莉 | VU |
| Symplocos chinensis (Lour.) Druce | 灰木 | LC |
| Celtis sinensis Pers. | 朴樹 | LC |
| Clerodendrum cyrtophyllum Turcz. | 大青 | LC |
| Clerodendrum inerme (L.) Gaertn. | 苦林盤 | LC |
| Lantana camara L. | 馬纓丹 | NA |
| Vitex negundo L. | 黃荊 | LC |
| Vitex rotundifolia L. f. | 海埔姜 | LC |
| Vitex trifolia L. | 三葉蔓荊 | VU |
| Viola confusa Champ. ex Benth. | 短毛菫菜 | LC |
| Cayratia japonica (Thunb.) Gagnep. | 烏蘞莓 | LC |
| Tetrastigma formosanum (Hemsl.) Gagnep. | 三葉崖爬藤 | LC |
| Tribulus terrestris L. | 蒺藜 | LC |
| Crinum asiaticum L. | 文珠蘭 | LC |
| Colocasia esculenta (L.) Schott | 芋 | NA |
| Typhonium blumei Nicolson & Sivad. | 土半夏 | LC |
| Phoenix hanceana Naudin | 臺灣海棗 | LC |
| Commelina communis L. | 鴨跖草 | LC |
| Murdannia keisak (Hassk.) Hand.-Mazz. | 水竹葉 | LC |
| Murdannia loriformis (Hassk.) R.S. Rao & Kammathy | 牛軛草 | LC |
| Cyperus compressus L. | 扁穗莎草 | LC |
| Cyperus diffusus Vahl | 多脈莎草 | LC |
| Cyperus distans L. f. | 疏穗莎草 | LC |
| Cyperus iria L. | 碎米莎草 | LC |
| Cyperus rotundus L. | 香附子 | LC |
| Eleocharis dulcis (Burm. f.) Trin. ex Hensch. | 荸薺 | NA |
| Fimbristylis dichotoma (L.) Vahl var. tikushiensis (Hayata) T. Koyama | 竹子飄拂草 | LC |
| Fimbristylis quinquangularis (Vahl) Kunth | 五稜飄拂草 | LC |
| Kyllinga brevifolia Rottb. | 短葉水蜈蚣 | LC |
| Pycreus pumilus (L.) Nees | 矮扁莎 | LC |
| Dioscorea japonica Thunb. | 日本薯蕷 | LC |
| Wolffia arrhiza (L.) Horkel ex Wimm. | 無根萍 | LC |
| Allium bakeri Regel | 薤 | － |
| Asparagus cochinchinensis (Lour.) Merr. | 天門冬 | LC |
| Dianella ensifolia (L.) DC. | 桔梗蘭 | LC |
| Lilium longiflorum Thunb. var. scabrum Masam. | 粗莖麝香百合 | DD |
| Eulophia graminea Lindl. | 禾草芋蘭 | NT |
| Pandanus odoratissimus L. f. | 林投 | LC |
| Brachiaria subquadripara (Trin.) Hitchc. | 四生臂形草 | LC |
| Chloris barbata Sw. | 孟仁草 | LC |
| Cymbopogon tortilis (J. Presl) A. Camus | 扭鞘香茅 | LC |
| Cynodon dactylon (L.) Pers. | 狗牙根 | LC |
| Cyrtococcum patens (L.) A. Camus | 弓果黍 | LC |
| Dactyloctenium aegyptium (L.) Willd. | 龍爪茅 | LC |
| Dendrocalamus latiflorus Munro | 麻竹 | NA |
| Digitaria heterantha (Hook. f.) Merr. | 粗穗馬唐 | EN |
| Digitaria setigera Roth | 短穎馬唐 | LC |
| Echinochloa colona (L.) Link | 芒稷 | LC |
| Eleusine indica (L.) Gaertn. | 牛筋草 | LC |
| Eragrostis amabilis (L.) Wight & Arn. | 鯽魚草 | LC |
| Imperata cylindrica (L.) P. Beauv. var. major (Nees) C.E. Hubb. ex Hubb. & Vaughan | 白茅 | LC |
| Leersia hexandra Sw. | 李氏禾 | LC |
| Miscanthus floridulus (Labill.) Warb. ex K. Schum. & Lauterb. | 五節芒 | LC |
| Oplismenus compositus (L.) P. Beauv. | 竹葉草 | LC |
| Oryza sativa L. | 稻 | NA |
| Panicum dichotomiflorum Michx. | 洋野黍 | NA |
| Panicum maximum Jacq. | 大黍 | NA |
| Panicum repens L. | 舖地黍 | LC |
| Paspalum conjugatum P.J. Bergius | 兩耳草 | NA |
| Pennisetum polystachion (L.) Schult. | 牧地狼尾草 | NA |
| Phragmites australis (Cav.) Trin. ex Steud. | 蘆葦 | LC |
| Phyllostachys makinoi Hayata | 桂竹 | LC |
| Rhynchelytrum repens (Willd.) C.E. Hubb. | 紅毛草 | NA |
| Saccharum spontaneum L. | 甜根子草 | LC |
| Setaria viridis (L.) P. Beauv. | 狗尾草 | LC |
| Spinifex littoreus (Burm. f.) Merr. | 濱刺麥 | LC |
| Vetiveria zizanioides (L.) Nash | 培地茅 | NA |
| Zea mays L. | 玉蜀黍 | NA |
| Zoysia tenuifolia Thiele | 高麗芝 | NT |
| Eichhornia crassipes (Mart.) Solms | 布袋蓮 | NA |
| Smilax bracteata C. Presl var. verruculosa (Merr.) T. Koyama | 糙莖菝葜 | LC |
| Smilax china L. | 菝葜 | LC |
| Typha angustifolia L. | 水燭 | LC |
| Typha orientalis C. Presl | 香蒲 | LC |
| Alpinia zerumbet (Pers.) B.L. Burtt & R.M. Sm. | 月桃 | LC |
